El Sistema Penitenciario del Estado de Guanajuato se encuentra entre los primeros cinco lugares mejor calificados en México, de acuerdo al Diagnóstico Nacional de Supervisión Penitenciaria (DNSP) 2020, realizado por la Comisión Nacional de los Derechos Humanos (CNDH).
Actualmente, dicho diagnóstico clasifica a los Centros Penitenciarios en seis grupos, divididos de acuerdo al tamaño de la población interna; de tal manera que ubican a Guanajuato en el grupo D, que corresponde a los Centros de entre 6,001 y 10,000 personas privadas de la libertad.
Por ello, el Sistema Penitenciario de Guanajuato dependiente de la Secretaría de Seguridad Pública del Estado, obtuvo una calificación estatal de 8.04, por lo que se ubica como el segundo mejor de su grupo y el quinto lugar del ranking nacional como los mejor calificados.
El objetivo principal del diagnóstico es supervisar el respeto y la garantía de los derechos humanos de las personas privadas de la libertad (PPL), sus hijos e hijas que viven con ellas, de las personas jóvenes en conflicto con la ley que se encuentran cumpliendo una medida en tratamiento, así como del personal que labora en los centros penitenciarios del país, incluyendo Ceresos, prisiones militares y Ceferesos.
Durante los últimos años el Sistema Penitenciario de Guanajuato se ha mantenido dentro de los primeros lugares a nivel nacional, cumpliendo con los principios de la reinserción social plena como derecho fundamental que establece la Constitución para las personas privadas legalmente de la libertad, sobre la base del respeto irrestricto a los derechos humanos.